Instituttets økosystemtilgang afspejles i den overordnede opdeling på fire faglige styrkeområder, der også udgør rammen for sektionerne. Styrkeområderne er ikke skarpt adskilt, og der er stort overlap mellem dem, hvilket også afspejles i instituttets forskning. Disse fire styrkeområder er: Terrestrisk økologi, Ferskvandsøkologi, Marin økologi og Arktis. Sidstnævnte dækker både terrestriske, ferske og marine økosystemer, men har fokus på det geografiske område Arktis og især Grønland.