Den daglige ledelse af Institut for Ecoscience varetages af institutleder og seniorforsker Mikkel Tamstorf med hjælp fra 3 viceinstitutledere og 1 sekretariatsleder.
Kernen i organisationsstrukturen er sektionerne, de faglige netværk og diverse fagudvalg. Udvalgene rådgiver ledelsen indenfor det pågældende udvalgs specifikke sagsområde, og formændene for de forskellige udvalg og sektionslederne fungerer som sparringspartnere for instituttets ledelse.
Forskerne på Institut for Ecoscience er organiseret i en række sektioner, der er dannet som enheder med en fælles faglig tilgangsvinkel til biologien, og de faglige forskningsområder bliver udviklet, dyrket og koordineret med udgangspunkt i sektionerne.
Medarbejdere fra instituttet leder følgende centre:
Medarbejdere fra instituttet indgår i følgende centre:
