Optællinger af 3 bestande af langsporet gøgelilje indgik i overvågningen ved programmets start  1987. På Sjælland drejer det sig om Store Bøgeskov, hvor overvågningen blev indstillet i 2004, mens det i Jylland er bestandene på Trelde Næs og i Staksrode Skov. Den sidstnævnte bestand har været overvåget kontinuert på nær et par år i hele programperioden 1987-2016, mens overvågningen af Trelde Næs bestanden blev indstillet i 2005. I 2001 blev overvågning af yderligere en bestand i Staksrode Skov iværksat, der blev optalt kontinuert i resten af programperioden. Overvågningen af det største antal bestande skete i perioden 1999-2003, hvor alle fire bestande blev optalt. Da de vegetative planter også er blevet optalt, bliver deres antal medtaget i det følgende og i histogrammerne.

Optællingerne af bestandene af langsporet gøgelilje har vist store årlige udsving både i det samlede og i det gennemsnitlige antal planter. Det højeste samlede antal planter på 300 og gennemsnitlige på 100 blev optalt i 1991 (Fig. 1 og 2). Medvirkende hertil er, at der i den ene bestand i Staksrode Skov blev optalt 272 blomstrende planter.