Ifølge Atlas Flora Danica* er plettet gøgeurt registreret i 268 ruder på omkring 620 lokaliteter, primært i Nord-, Midt- og Vestjylland samt på Læsø og Anholt. Arter er registreret spredt på Djursland og i Østjylland, i enkelte ruder på Fyn, Lolland, Falster, Møn (Ulvshale) og Bornholm samt Sjælland.
Plettet gøgeurt forekommer på mager ferskeng, i hedemose, hedelavning, klitlavning, klithede, surt græsland, overdrev, hedebakke, vældeng, knoldeng, høslæteng, kalkeng og i klitplantage.
Overvågningen af plettet gøgeurt startede i 1987, hvor tre bestande på to lokaliteter, nemlig to ved Kårup på Mors og én ved Troldebakker på Jægerspris Skydeterræn i Hornsherred, indgik i programmet. Overvågningen af disse bestande blev indstillet i henholdsvis 1995, 2000 og 2005. Plettet gøgeurt har i hele programperioden været overvåget på 33 lokaliteter, men overvågningen har af forskellige grunde ofte foregået over en kortere årrække, idet plettet gøgeurt typisk ikke har været den primære orkidé på lokaliteten, hvorfor nogle bestande kun rummer få individer. Det højeste antal på 17 bestande blev optalt i 2000, mens et lavpunkt blev nået i 2012, hvor to bestande blev optalt. Østrup bestanden i Holstebro Kommune har været overvåget kontinuerligt siden 1990.
Såvel det samlede som det gennemsnitlige antal blomstrende skud har svinget meget siden de årlige optællinger af blomstrende skud af plettet gøgeurt blev iværksat i 1987 (Fig. 1 og 2). Den markante stigning i antallet af blomstrende skud fra 2010 skyldes, at overvågningen af et par individrige, fynske bestande blev påbegyndt i dette år. De to bestande blev ikke optalt i 2012, 2014 og 2016, hvorfor såvel det gennemsnitlige og det totale antal af blomstrende skud er lavere i de mellemliggende år. Hertil kommer, at Ølstrup bestanden har været i fremgang siden 2012, hvor antallet af blomstrende skud er fordoblet i 2010’erne forhold til 1990’erne.
Vurderet ud fra det gennemsnitlige antal af blomstrende skud er den samlede bestand af plettet gøgeurt i fremgang, hvilket som nævnt bl.a. skyldes påbegyndt overvågning af to individrige, fynske bestande og fremgangen i Østrup bestanden. Den er ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i livskraftig (LC).
