Stor gøgeurt er i Atlas Flora Danica* registreret på 19 lokaliteter i 9 ruder fordelt med én ved Vejle Fjord, to på Trelde Næs, én på Røjle Halvøen på Fyn og fem på Høje Møn.
Stor gøgeurt vokser i bøgeskov på kalk eller ler, kalkoverdrev, blandskov på kystskrænt af plastik ler og sjældent på kulturgræsland.
Optælling af den fynske bestand af stor gøgeurt i Karlsskov på Trelde Næs og de to jyske bestande, Staksrode Skov ved Vejle Fjord og Trelde Næs, er indgået i overvågningsprogrammet fra starten i 1987. Bestanden på Trelde Næs har været overvåget kontinuert i hele perioden, mens bestanden i Staksrode Skov har været overvåget i 29 år. Overvågning af det højeste antal bestande på 5 fandt på nær et par enkelte år sted i perioden 1993 og 2010 fordelt på to bestande i Staksrode Skov, den på henholdsvis Trelde Næs og i Karlsskov samt én i Jydelejet på Høje Møn. Da både blomstrende og vegetative planter er blevet optalt, vil optællinger heraf fremgå af det følgende.
De højeste samlede antal blomstrende og vegetative planter med mellem 1.400 og 1.600 individer blev optalt i perioden 1990-1999 (Fig. 1), mens de højeste gennemsnitlige antal på over 350 blomstrende og vegetative planter blev optalt i flere år i perioden 1987 og 1996. (Fig. 2)Det største antal blomstrende planter på 209 individer blev optalt i 1995 i Trelde Næs bestanden, mens der blev optalt henholdsvis 207 og 205 blomstrende planter i 1990 og 1991 i den ene bestand i Staksrode Skov.
Optællinger af blomstrende og vegetative planter i de 8 overvågede bestande viser, at det samlede antal individer er faldet til henved ⅓, mens det gennemsnitlige antal individer er faldet til henved ¼ i løbet af programperioden. Fælles for alle bestande er, at både det samlede og det individuelle antal blomstrende planter er faldet i løbet af programperioden. Den er ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i vurdering næsten truet (NT).
