Ifølge Atlas Flora Danica* er hjertebladet fliglæbe registreret i 18 ruder spredt i Jylland langs Vesterhavskysten fra Skagens Gren til Klitmøller, i det østlige Himmerland og på Silkeborgegnen, på Læsø og Anholt samt i Hornbæk Plantage i Nordsjælland.
Hjertebladet fliglæbe vokser i gammel nåleplantage, birke-pilekrat, skygget hængesæk, nordvendte, hedeskrænter og fugtig hedelavning.
Hjertebladet fliglæbe har været overvåget på 2 jyske lokaliteter, hvoraf den ene med 3 adskilte bestande ligger i Svinkløv Plantage, mens den anden ligger ved Silkeborg. Overvågningen af hjertebladet fliglæbe blev sammen med knærod påbegyndt på den ene lokalitet i Svinkløv Plantage i 1989, der blev indstillet efter 3 år i 1991, da det udlagte permanente prøvefelt blev ødelagt af en maskine. I 1990 blev overvågningen af en nærliggende bestand påbegyndt, mens overvågningen af en tredje bestand plantagen blev iværksat i 1994. Overvågningen af de to sidstnævnte bestande blev indstillet i 2000. I perioden fra 2001 til 2011 blev en bestand ved Silkeborg optalt årligt bortset fra i 2002. Efter 2011 er ingen bestande af hjertebladet fliglæbe blevet optalt inden for overvågningsprogrammets ramme. Da de vegetative planter er blevet optalt i de overvågede bestande i Svinkløv Plantage, er de indgået i analysen og resultatet heraf medtaget i det følgende.
Både det samlede og gennemsnitlige antal planter af hjertebladet fliglæbe kulminerede i 1991 med henholdsvis 29/101 og 51/15 blomstrende og vegetative planter hos bestandene i Svinkløv Plantage. For Silkeborg bestanden kulminerede det samlede antal med 340 blomstrende planter – ifølge overvågeren et usædvanligt højt antal sammenlignet med det foregående år – i 2001 året efter, at optællingen blev påbegyndt, for siden at falde til et minimum på 17 blomstrende planter i 2007 og 2008 (Fig. 1 og 2).
Bortset fra rekordåret 2001 med 340 blomstrende planter i Silkeborg bestanden har der været optalt færre end 100 blomstrende planter ved overvågningen af de fire bestande. Både det samlede og gennemsnitlige antal planter har svinget årligt i de overvågede bestande, der alene repræsenterer 2 lokaliteter i Jylland, hvilket næppe er repræsentativt for artens bestandsudvikling i Danmark. Den er ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i livskraftig (LC).
