Ifølge Atlas Flora Danica* er skov-gøgeurt registreret på omkring 130 lokaliteter i 71 ruder fra det østlige Himmerland, over det centrale Djursland og det sydlige Århus til Vejle-egnen og det centrale Sønderjylland, på Sydfyn og Langeland, Lolland, Falster, Møn og Bornholm samt flere steder i Nordsjælland. Hertil kommer et par bestande ved Gråsten Nor, som indgår i overvågningsprogrammet, og Danmarks nordligste bestand i Lundby Bakker sydøst for Aalborg, der ikke er blevet registreret ifølge Atlas Flora Danica.
Skov-gøgeurt forekommer i fugtig muldbundsløvskov som bøge- og askeskov, kratskov, vældeng, kalkoverdrev, skoveng, skovrydning, kystskrænt med plastisk ler, i ellesump og pilekrat.
Det samlede antal af skov-gøgeurt var maksimalt i 1992 og 2002 med henholdsvis 1.206 og 1.229 blomstrende planter optalt på 10 og 5 lokaliteter. Det laveste antal på 22 blomstrende planter optalt på 2 lokaliteter blev registreret i 1989, hvor den individrige Hillerød bestand ikke blev optalt.
Skov-gøgeurt indgik i programmet fra starten i 1987, hvor én bestand nær Hillerød blev optalt næsten årligt frem til 2005. I 1989 og især i 1990 blev andre bestande på Møn, Fyn og i Sønderjylland inddraget i de årlige optællinger således, at 11 bestande i alt har været optalt i kortere eller længere perioder – flest i perioden 1990-2000. De to bestande ved Gråsten Nor har været overvåget kontinuert i perioden 1990-2016, mens bestanden ved Arreskov Sø på Fyn er blevet optalt kontinuert i perioden 1992-2016.
Bortset fra årene 1987 og 1988, hvor Hillerød bestanden af skov-gøgeurt var ene om at blive optalt, har det gennemsnitlige antal i perioden 1987-2016 svinget omkring 100 blomstrende skud. Minimum var i 1989 med 11 blomstrende planter, mens de højeste gennemsnitlige antal blomstrende planter blev registreret i 2002, 2005 og 2006 med henholdsvis 246, 273 og 280 skud fordelt 5, 4 og 3 bestande (Fig. 2). I fire år har det samlede antal rundet 1000, nemlig i 1992 med 1.206, 1999 med 1.081, 2002 med 1.229 og 2005 med 1.092 blomstrende planter fordelt på henholdsvis 10, 10, 5 og 4 bestande. Det laveste antal på 22 skud i to bestande blev optalt i 1989 (Fig. 1).
Det gennemsnitlige antal blomstrende planter af skov-gøgeurt har i det meste af programperioden 1987-2016 svinget stabilt omkring 100 blomstrende planter, når der ses bort fra de to første år, hvor alene optælling af Hillerød bestanden indgik. Arten er ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i livskraftig (LC).
