I 1987 blev overvågningen af tre hylde-gøgeurt bestande på Mols, samt ved Kåsegård og Dalhøj begge på Bornholm optaget i programmet. I 1990 blev overvågningen af yderligere fem bestande iværksat. Antallet af overvågede bestande toppede i perioden 2000-2003 med 13 bestande optalt i 2003. I alt er bestande på 15 lokaliteter blevet overvåget i 30 års perioden. Kåsegård bestanden er den eneste, der har været overvåget i hele perioden dog med enkelte afbrydelser. Langebjerg bestanden på Bornholm og Rævebjerg bestanden i Odsherred, der nu er Danmarks største bestand, har med enkelte afbrydelser været overvåget i henholdsvis 22 og 21 år siden opstarten i 1990 og overvåges fortsat. Alle kendte bestande af hylde-gøgeurt er indgået i overvågningsprogrammet.

Op gennem 1900’erne steg det samlede antal til et maksimum på 2.178 blomstrende planter i 1998, hvor også det højeste gennemsnitlige antal blomstrende planter forekom (Fig. 1 og 2). Efter årtusindskiftet faldt det gennemsnitlige antal blomstrende planter drastisk, hvilket er en halvering eller mere sammenlignet med antallet i slutningen af 1990’erne. Medvirkende hertil er, at Rævebjerg bestanden ikke blev optalt mellem 2000 og 2005 bortset fra i 2003 og heller ikke i 2014. De overvågede bestande af hylde-gøgeurt rummer alt fra et fåtal på 19 fordelt på 5 lokaliteter i 2004 til 2.178 blomstrende planter fordelt på 6 lokaliteter i 1998. Det højeste antal 1.019 blomstrende planter på en enkelt lokalitet blev optalt i Rævebjerg bestanden i 1999, mens det næsthøjeste antal 982 blev optalt i 1996 på Bornholm i Kåsegård bestanden, som på det tidspunkt var landets største bestand.