Ifølge Atlas Flora Danica* er nikkende hullæbe registreret i 70 ruder spredt i Jylland fra Vendsyssel over Randersegnen og Djursland mod syd til Koldingegnen, på Fyn, Langeland, Lolland, Falster, Møn og Sælland.
Nikkende hullæbe vokser i gammel bøgeskov, på skovvejkant, ved skovgrøft, skovsøbred og i lysåben nåleskov.
Overvågningen af nikkende hullæbe indgik i overvågningsprogrammet i 1989 med optælling af 43 blomstrende skud i Lave Skov ved Humlebæk i Nordsjælland samt 2 gange 2 blomstrende skud i henholdsvis Staksrode Skov ved Vejle Fjord og ved Siøsøbjerg på Høje Møn. I perioden 2001-2007 toppede antallet af overvågede bestande med 14 i 2004 som det højeste antal. I alt 16 bestande er indgået i programmet. Ingen af bestandene har været overvåget kontinuert i hele 30 års perioden. Bestanden i Teglgårds Skov og Øksenrade Skov ved Middelfart på Vestfyn har været overvåget kontinuert siden 1990.
Det største antal blomstrende skud 198 af nikkende hullæbe blev optalt i skovene ved Fænø Sund ved Middelfart i 2004. Det samlede største antal blomstrende skud 383 fordelt på 9 bestande blev registreret i 2000, mens det gennemsnitlige højeste antal af blomstrende skud 79 blev registreret i 1993, hvor optælling af 4 bestande indgik.
30 års overvågning af nikkende hullæbe har vist et samlet fald af det gennemsnitlige antal af blomstrende skud fra 2000 frem til 2016, hvilket blandt andet hænger sammen med, at flere af de overvågede bestande er små, eller at der ikke er sat overjordiske skud, måske fordi den er forsvundet fra den pågældende lokalitet. Arten er ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i livskraftig (LC).
