Ifølge Atlas Flora Danica* er ægbladet fliglæbe registreret i 306 ruder spredt i Nord-, Vest- og Sydvestjylland samt på Djursland og mere sammenhængende morænelersegnene i Øst- og Sydøstjylland og på Øerne. Den er ikke registreret på øerne i Kattegat og Smålandsfarvandet.
Ægbladet fliglæbe vokser i fugtig muldbundsløvskov, hyppigst i askeskov, ellesump, hasselskov, birke-pilemose på tørvebund, løvkrat, samt på kalkrig eng og skoveng, på strandoverdrev og kystskrænt.
Ægbladet fliglæbe har været overvåget på 26 lokaliteter fordelt med 12 i Jylland, 2 på Fyn, 7 på Falster og Møn samt 5 på Sjælland. Overvågningen af arten blev iværksat samtidig med programmets start i 1987, hvor to bestande i henholdsvis Staksrode Skov i Jylland og ved Gentofte Sø på Sjælland blev optalt. Det største antal bestande blev overvåget i perioden 1996-2001, hvor årlige optællinger blev udført på mellem 15 og 20 lokaliteter. Ingen bestande er blev optalt kontinuert i hele programperioden. Den længste overvågningsserie er de årlige optællinger af bestanden i Staksrode Skov, der indtil nu har forløbet i 28 år, mens bestandene ved Cathrinesminde ved Gråsten og i Lambjerg Skov på Als har været overvåget kontinuert i 27 år.
De største samlede antal blomstrende planter af ægbladet fliglæbe på 873 og 866 blev registreret i henholdsvis 2010 og 2012 fordelt på 14 og 13 bestande (Fig. 1), hvilket samtidig resulterede i de højeste gennemsnitlige antal på 62 og 67 blomstrende planter (Fig. 2). Det højeste antal på 457 blomstrende planter blev registreret i 2012 i bestanden ved Kyndby på Sjælland. I mange bestande er antallet af blomstrende planter encifret, da ægbladet fliglæbe ofte er en følgeart i forhold til den primære art for overvågningen f.eks. stor gøgeurt.
Både det samlede og gennemsnitlige antal planter af ægbladet fliglæbe har svinget årligt i de overvågede bestande med maksimale antal i 1990’erne og i begyndelsen af 2010’erne. Der er ikke tegn på, at arten skulle være i tilbagegang trods de registrerede årlige svingninger i bestandsstørrelser. Den er ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i livskraftig (LC).
