Bakke-gøgelilje er registreret i 90 ruder i Atlas Flora Danica* med flest forekomster i Vendsyssel, Hanherred og Vendsyssel samt på Anholt, Læsø og Rømø. Orkidéens forekomst i det øvrige Jylland samt på Øerne er meget spredt, mens den mangler på de fleste af de mindre øer.
Bakke-gøgelilje vokser på overdrev, strandoverdrev, strandvold, mosrig ferskeng, knoldkær, hedemose, lynghede, klithede, klitlavning, øvre del af strandeng og braklagt, sandet mark.
Bakke-gøgelilje har været overvåget på 25 lokaliteter i programperioden 1987-2016. Overvågningen blev iværksat på én sjællandsk, Jersie, og to jyske lokaliteter, Lovrup i Sønderjylland og Mønsted i Midtjylland, ved programmets start. Ingen bestande er blevet overvåget kontinuert i hele programperioden. På flere lokaliteter har bakke-gøgelilje været en følgeart til eksempelvis hvid sækspore, hvorfor optællingerne har været ret sporadiske. Den ene Gistrup bestand, hvor bakke-gøgelilje har været den primære art, har været overvåget kontinuert i 17 år fra 1990 frem til 2006, hvor optællingen blev indstillet, da arten var forsvundet fra prøvefladen. Den samme negative udvikling gør sig gældende for andre bestande, bl.a. Jersie, Lovrup og Mønsted. Det højeste antal overvågede lokaliteter var i 2001, hvor 17 bestande blev optalt. I 2010 blev 4 lokaliteter overvåget uden registrering af blomstrende planter, mens de overvågede bestande ikke blev optalt i 2012
Optællingerne af bestandene af bakke-gøgelilje har vist store årlige udsving i det totale antal af blomstrende planter. Frem til 2015 har det samlede antal svinget mellem 2 i 2014 fordelt på 2 bestande og 449 blomstrende planter i 2001 fordelt på 17 bestande. I 2015 begyndte optællingen af en stor fynsk bestand, der i 2016 toppede med 1.360 blomstrende planter (Fig. 1).
Den samme tendens afspejler sig i det gennemsnitlige antal blomstrende planter. Frem til 2015 svinger det gennemsnitlige antal mellem 1 fordelt på to bestande i 2014 og 44 fordelt på 4 bestande i 2011. Det gennemsnitlige antal stiger til 455 blomstrende planter fordelt på 3 bestande i 2016 på grund af bidraget fra den store fynske bestand (Fig. 2).
Optællingen af bakke-gøgelilje har vist, at arten er forsvundet fra flere af de lokaliteter, hvor den har været overvåget. Medtagelsen af den fynske bestand i 2015 viser, at der fortsat forekommer store ikke-overvågede bestande af den. Orkidéen er på den baggrund ved rødlistevurderingen 2020 kategoriseret i næsten truet (NT).
