Reetablering af den naturlige vandløbsprofil, herunder også de naturlige vandløbsprocesser, kan være med til at sikre, at den naturlige hydrologi genoprettes. Bringes vandløbet tilbage i terræn, vil den hydrologiske kontakt mellem vandløb og ådal blive bedre, og tillader man samtidig, at vandløbsprocesserne får frit spil, vil der opstå den dynamik, der karakteriserer en naturlig ådal. Sikring af en så naturlig hydrologi i ådalen som muligt indebærer også, at man ophører med eller begrænser grødeskæring og oprensning i vandløbet. Herved får de naturlige erosions- og depositionsprocesser lov til at virke, og de vil med tiden skabe forskellige levesteder, der har karakter af bagvande (se her).

Man bør selvfølgelig også undlade nygrøftning samt oprensning af grøfter og dræning af naturområder, også de genoprettede. Hvis ådalen har sat sig, kan det dog være nødvendigt at sikre afløb af næringsrigt vand fra fx højere liggende marker, så eventuelle næringsfølsomme naturtyper i ådalen ikke påvirkes. Dette er særligt centralt ved oversvømmelser i vækstsæsonen (Baattrup-Pedersen m.fl. 2013).

Det er endvidere vigtigt at sikre, at der ikke kommer stagnerende vand i den værdifulde natur i genoprettede ådale. Det ses ofte ved at vegetationen ændrer karakter og bliver præget af arter som dyndpadderok og bredbladet dunhammer, der er tilpasset stagnerende vand. Her skal det sikres, at vandet fortsat har afløb fra området uden at det drænes (se også afsnit om genopretning af naturlig hydrologi).