Prioritering af indsatsen afhænger i første omgang af den politisk bestemte disponering af arealerne. Fra et biodiversitetsperspektiv er det mest omkostningseffektivt at prioritere arealer med størst naturværdi højest efterfulgt af arealer med stort potentiale – enten for udvikling af grundvandsfødte vådområder eller for at bidrage til at skabe store sammenhængende naturområder.

Områdets vigtighed skal vurderes på lokal/regional/national/international skala, baseret på tilstand, beskyttelsesstatus, størrelse, forekomst af sjældne og sårbare arter mv. Er området eller dele af området af stor vigtighed, skal en indsats i området prioriteres højt. Biodiversitetskortet er baseret på kendt viden og giver et overblik over de vigtigste naturområder for sjældne og truede arter. Vær dog opmærksom på at biodiversitetsværdierne i mange ådale ikke er kortlagt. 

Vurdering af områdets potentiale omfatter følgende:

• Er der områder med næringsfattig vegetation af planter og mosser i eller omkring det område, der skal genoprettes? Eksisterende lokale frøkilder øger potentialet for at få genetableret en værdifuld natur efter genopretning af våde, næringsfattige miljøforhold. Her skal man sikre, at unik og uerstattelig natur ikke forringes af genopretningen og om en truende næringsstofbelastning kan modvirkes i processen.
• Er der mulighed for at skabe et stort sammenhængende område? Er der mulighed for at kæde området sammen med allerede værdifulde områder? Jo større desto bedre. Naturlige processer kan sættes (mere) fri på store arealer, hvor den dynamik de skaber volder færre konflikter med andre formål på tilstødende arealer. Arealstørrelse og antallet af arter er også korreleret; jo større areal, desto større potentiale for at genoprette en stor artsdiversitet. Græsning i et større sammenhængende område vil øge potentialet for frøspredning og etablering af en naturlig, lyskrævende vegetation.
• Viser de historiske kort tidligere vådområder, kilder, moser og et slynget åforløb? Her er der potentiale for at genoprette naturlig hydrologi. Hvis undersøgelserne af de hydrologiske forhold og næringskoncentrationen også indikerer næringsfattige og grundvandspåvirkede forhold, så er der stort potentiale for at genoprette artsrige, grundvandsfødte naturtyper.

Dernæst prioriteres indsatserne i rækkefølge, så man 1) sikrer, 2) forbedrer og 3) genopretter gode miljøforhold og naturlige processer, så der skabes grundlag for en mangfoldig natur. Her kan du læse mere om, hvordan du kortlægger tilstanden og levesteder af sjældne og truede arter, og her kan du læse om virkemidlerne til genopretning.