Den dynamik, som genopretning af naturlige processer forårsager, kan til tider være modstridende med at sikre forekomster af sjældne eller truede arter og naturtyper. Det kan fx. være håndtering af uhensigtsmæssige successionsprocesser, som kan true sjældne arter eller levesteder. Dette dilemma er særligt udtalt i små områder eller områder med små bestande af sjældne og truede arter. I realiteten er det dog oftest manglen på naturlige processer, som truer bestande af sjældne arter, og en velplanlagt og veludført genopretning vil sikre levesteder og resurser for de truede arter.

Der kan altså være et behov for overvågning og løbende justeringer af indsatserne for at opnå målsætningerne om at sikre bestande af truede arter og naturtyper. Men denne indsats vil typisk være mindre end den forvaltning, det ville kræve at sikre arterne inden genopretningen, fx. nedskæring af vedplanter eller periodevis frahegning af arter, hvor der vurderes at være risiko for, at dyrenes tråd eller græsning kan skade bestanden.