Målsætningerne for et genopretningsprojekt kunne være, at de genoprettede processer definerer udviklingen af biodiversiteten uden at have bestemte naturtyper eller naturtilstand som mål. Men i mange tilfælde vil genopretningen blive iværksat for at udvikle eller forbedre tilstanden af specifikke naturtyper, og i ådale vil det ofte være enge og moser eller mere specifikt habitatnaturtyperne tidvis våd eng, rigkær og kildevæld, og man har målstyret efter naturtilstandsvurderingssystemet (Fredshavn & Erjnæs 2007), der også indgår i de statslige naturplaner. Det kan være, udgangspunktet er agerjord eller stærkt modificerede naturarealer, eller hvor hele eller dele af området allerede udgøres af en bestemt naturtype i ringe tilstand, og her vil en del af målsætningen ofte være at sikre og forbedre tilstanden heraf. Denne form for målstyret forvaltning kan med fordel kobles med en løbende overvågning og justering af forvaltningen.
De genoprettede naturlige processer – hydrologi og græsning – og genoprettet næringsstatus vil bidrage til spredning af frø og ændring af konkurrenceforhold til fordel for mere lyskrævende, nøjsomme planter og på den måde arbejde videre med at genoprette vegetationen og variationen i kulstofudbuddet (lysåben urtevegetation, tørvejord, vedplanter, store træer og dødt ved).
Genopretning af en naturlig næringsstatus eksempelvis ved udpining ved hjælp af høslæt, samt kolonisering af arter og naturlig succession kan være langtidskrævende processer, og man vil derfor sjældent nå i mål med at genoprette en naturlig artsrig vegetation på arealet, inden for den periode genopretningen foregår i. Der vil derfor være behov for en løbende forvaltning og eventuelle justeringer af indsatserne i området langt ud over selve genopretningsfasen, ligesom der kan være behov for at supplere med helt nye indgreb.
På arealer, der indeholder en stor næringspulje, og hvor en genopretning af naturlig næringsstatus er vanskelig, kan naturlig tilgroning med vedplanter såsom el, ask, pil og birk, bidrage til biodiversiteten af svampe, insekter og epifytter (Bruun m.fl. 2020).
Til trods for genoprettede processer kan der være behov for en særlig og målrettet indsats mod visse problemarter. Problemarter vil typisk være arter, som dyrene nødigt æder, og som har etableret et dominerende dække, der ikke levner plads til kolonisering af andre arter. Eksempler på problemarter kan være lodden dueurt, rørgræs, kær-star eller butblomstret siv, der har stået uden græsning i en årrække og har dannet et tykt lag af visne plantedele.
