CodeBlues centrale spørgsmål er: 

a) Har klimaforandringer været en væsentlig faktor sammenlignet med menneskeskabte næringsstofbelastninger i etableringen af den nuværende eutrofiering? Vil den "maksimalt tilladte tilførsel" af næringsstoffer være tilstrækkelig til at løse eutrofieringsproblemet i et klima under forandring?

b) På lokalt niveau: Hvordan vil de implementerede tiltag påvirke aktiviteter inden for den blå økonomi, såsom akvakultur i havvindmølleparker og lokal forvaltning i CodeBlues specifikke kystområder?