Hvad er tilstanden for havmiljøet i Danmark, og hvordan er udviklingen? Det Marine Fagdatacenter analyserer miljøovervågningsdata indsamlet i fjorde, kystvande og åbne farvande, og udgiver hvert år en samlet rapport over marine områder, der beskriver havmiljøet på nationalt niveau.
Overvågningsdata anvendes også i mange andre sammenhænge fx i den nationale iltsvindsovervågning, hvor der hver år udkommer fire rapporter om de aktuelle iltforhold om iltsvind i danske havområder.
De marine overvågningsdata indsamles under det Nationale Overvågningsprogram for Vand og Natur (NOVANA), og mange af fagdatacentrets aktiviteter tager udgangspunkt i NOVANA-programmet.
Desuden deltager Det Marine Fagdatacenter i det internationale samarbejde om beskyttelse og overvågning af havmiljøet i Østersøen (HELCOM) og det nordøstlige Atlanterhav (OSPAR), og fagdatacentret samarbejder med Det Europæiske Miljøagentur.
Institut for Ecoscience driver fagdatacentret. Til fagdatacentret er følgende sektioner tilknyttet: