Center for Vadehavsforskning er etableret i samarbejde med både nationale og internationale aktører i Vadehavet. Det betyder, at centeret omfatter alle typer af institutioner og organisationer, der har en fælles interesse i Vadehavets biologi, geomorfologi, kulturhistorie og naturressourcer. Vadehavsområdet strækker sig over Danmark, Tyskland og Holland. Derfor har der i årtier været et tæt fagligt samarbejde mellem forskningsinstitutioner i de tre lande, ligesom der gennem det Trilaterale Vadehavssamarbejde siden 1978 har været et officielt samarbejde mellem de tre landes miljøministre om beskyttelse og forvaltning af Vadehavet. Samarbejdet omfatter desuden en koordineret natur- og miljøovervågning på tværs af landene. Nedenstående liste er en foreløbig oversigt over centerets nationale og internationale samarbejdspartnere. Den vil løbende blive udvidet.
