Kortlægningsmetoderne sikrer en mere ensartet kortlægning mht. størrelse og sammensætning af de kortlagte arealer. I de tilfælde arealerne er kortlagt som mosaikforekomster med flere habitatnaturtyper, vil de kun indeholde naturtyper med samme forvaltningsbehov, fx afgræsning eller genoprettelse af hydrologi. Udbredelsen af mosser og laver bliver nu også registreret og der skelnes mellem afgræsning og slæt. De invasive arter angives ved art, og hver arts dækning på arealet kortlægges særskilt. Randpåvirkning fra omkringliggende dyrkede marker registreres selvstændigt og de såkaldt naturtypekarakteristiske strukturer er væsentligt udbyggede. Udbredelsen af de positive og negative strukturer fortæller om det kortlagte areal overvejende er i god eller i ringe tilstand. Metoden er fortsat meget ekstensiv, således vil det i gennemsnit tage ca. en time at foretage en registrering af struktur og artsindhold.

Ved genkortlægningen tages udgangspunkt i den tidligere kortlægning. Alle lysåbne habitatnaturtyper kortlægges i tredje runde, og hver habitatnaturtype beskrives særskilt, også hvis de indgår i mosaik med andre typer på et areal. For hver naturtype i mosaikken angives hvor stor en del af det kortlagte areal de dækker, men deres konkrete lokalisering på arealet angives ikke.

Habitatnaturtyperne skal tolkes bredt i lyset af formålet med Habitatdirektivet. Ud fra vegetationen og en række strukturelle og dannelsesmæssige forhold bestemmes naturtyperne ved hjælp af habitatnøglen, og resultatet sammenlignes med de udførlige danske habitatbeskrivelser. Foruden de danske beskrivelser, er der EU's officielle fortolkningsmanual "Interpretation Manual of European Union Habitats".

For hver af de lysåbne habitatnaturtyper på forekomsten indhentes oplysninger om følgende strukturindikatorer:

1.        Vegetationsstruktur
2.        Hydrologi og kystsikring
3.        Afgræsning/pleje
4.        Påvirkning af landbrugsdrift
5.        Naturtypekarakteristiske strukturer
6.        Beskrivelse af drift/pleje

Tilsvarende er skovtypernes strukturindikatorer inddelt i:

1.        Skovstruktur
2.        Kontinuitet
3.        Driftsforhold og hydrologi

For hver indikatorgruppe er der en række specifikke indikatorer, der hver især registreres samlet for hele forekomsten. Hver indikator er beskrevet i en række kategorier, og vurderingen i felten foretages ved at angive den kategori, der beskriver tilstanden bedst muligt, fx angives arealandelen med invasive arter i de fem kategorier 1) 0%, 2) 1-10%, 3) 10-25%, 4) 25-50% og 5) 50-100%.

For hver naturtype udvælges et dokumentationsfelt, ofte en cirkel med 5 m radius, eller tilsvarende areal på 78,5 m², der kan dokumentere at naturtypen er til stede på arealet, og samtidig være et udtryk for de biologiske muligheder. Dokumentationsfeltet er derfor ikke nødvendigvis repræsentativt for hele arealet, men snarere udtryk for det biologiske potentiale på arealet. Dokumentationsfeltet udlægges derfor i et homogent område i den bedst udviklede del af naturtypen, og dermed sikrer man at skulle der bare i et hjørne af arealet stadig være bevaret værdifuld natur, så bliver det udtrykt i artslisten. Alle karplanter, både blomstrende og vegetative, i dokumentationsfeltet registreres.

Finder man i forbindelse med kortlægningen værdifulde arter uden for dokumentationsfeltet, fx rødlistede arter eller Bilag IV-arter, så kan det noteres, og oplysningen er synlig på registreringen. Men arten tæller ikke med i beregningen af artsindeks. For at sikre sammenligneligheden af artsindeks på tværs af arealstørrelser, regionale forskelle m.v. er det kun arter i dokumentationsfeltet, der tæller med i beregningen af artsindeks.