Vurderingerne i Den Danske Rødliste foretages af en lang række eksperter. Eksperterne starter med at indhente alle tilgængelige data; det kan være data fra atlasprojekter, online databaser, herbarier, samlinger, fortegnelser, artikler, turberetninger, opslagsværker, egne observationer mm. Fuldstændig viden om arterne haves kun meget sjældent, idet der ikke findes overvågningsprogrammer for danske arter, der dækker alle populationer i hele landet.
Rødlistens vurderinger udføres efter internationale kriterier og detaljerede guidelines udarbejdet af International Union for Nature Conservation (IUCN). Inden vurdering tager eksperterne stilling til, om arten er relevant at vurdere (se kategorien ikke relevant, NA). Hvis den er det, omsætter eksperterne data for den pågældende art til de estimater, der er relevante for rødlistevurdering jf. IUCN’s kriterier og guidelines (se diagram). I den igangværende rødlisteperiode (2020-2030) foretages vurderingerne efter kriterier i IUCN Red List Categories and Criteria, version 3.1 (IUCN 2012a) og Guidelines for Using the IUCN Red List Categories and Criteria, version 14 (IUCN 2019) samt detaljerede guidelines for nationale rødlister i Guidelines for Application of IUCN Red List Criteria at Regional and National Levels (IUCN 2012b). Eksperterne følger Manual til rødlistevurdering af danske arter 2020–2030 (Moeslund et al. 2020), som på dansk beskriver alle de elementer af processen, der er relevante for rødlistevurdering i Danmark.
Vurderingerne i Rødliste 2019 (2013-2019) er foretaget efter kriterier i IUCN (2012a) og Guidelines for Using the IUCN Red List Categories and Criteria, version 12 (IUCN 2016) samt de detaljerede guidelines i Guidelines for Application of IUCN Red List Criteria at Regional and National Levels (2012b). Eksperterne har i dén rødlisteperiode fulgt Manual til rødlistevurdering af danske arter 2013–2019 (Moeslund et al. 2015). I Rødliste 2010 (2003-2010) har eksperterne fulgt Manual for rødlistning af plante- og dyrearter i Danmark (Wind 2003).
Generelt er det vigtigt at understrege, at rødlistemetoderne fokuserer på at give et aktuelt her og nu billede af, hvordan arterne har det i den danske natur. Der vil således være en del arter, der er vurderet som livskraftige på rødlisten, d alligevel er ganske relevante at have fokus på i forvaltningen. Det vil typisk dreje sig om arter, som tidligere er gået drastisk tilbage, og nu kun findes i ret begrænset antal sammenlignet med tidligere, men hvor "her og nu" vurderingen er, at de ikke længere er i tilbagegang, og derfor ikke opfylder IUCNs kriterier om nylig eller forventet tilbagegang (over 10 år eller 3 generationer, hvad der er længst af de to). Derudover, er det for en del artsgrupper vanskeligt at bruge kriteriet om nylig eller forventet tilbagegang pga. ringe data, oftest fordi de pågældende artsgrupper ikke overvåges systematisk i Danmark.
Ved tvivl konsulteres DCE, ligesom DCE konsulterer IUCN i Cambridge i de enkeltstående tilfælde, hvor tvivlen er af principiel karakter, fx hvornår en art anses for at være regionalt uddød (RE). Som en del af rødlistevurderingsprocessen indtaster eksperterne også supplerende informationer om mange af arterne, fx deres levesteder og trusler. Eksperterne registrerer data og dokumentation i et websystem, som implementerer IUCNs kriterier og automatisk henfører arterne til de rigtige rødlistekategorier ved at holde indtastet data op imod disse kriterier. DCE står for koordineringen af eksperternes arbejde og for afrapporteringen.
I de to seneste rødlisteperioder (2013-2019 og 2020-2030) har der været fokus på at øge sammenligneligheden og objektiviteten i vurderingerne. Herved sikres, at man bedre kan sammenligne risikoen for at uddø for alle arter i samme rødlistekategori på tværs af artsgrupper og uanset hvem, der har foretaget vurderingerne. DCE har derfor udviklet ovennævnte websystem (redlist.ecoscience.dk), hvor rødlistebedømmerne indtaster data om de enkelte arters udbredelse, bestandsstørrelse, trends, levesteder og trusler. Systemet foretager herefter en automatisk tildeling af en rødlistekategori baseret på data. For yderligere at sikre, at den tildelte rødlistekategori er rigtig, bliver enhver vurdering sendt til faglig kommentering, efter den er foretaget af eksperten. Gennem denne proces sikres at interesserede fagfæller får mulighed for at gøre opmærksom på forhold, som ikke var eksperten bekendt på vurderingstidspunktet, men som eventuelt kan påvirke den endelige kategorisering.
Slutteligt kvalitetssikres vurderingen af DCE og en anden ekspert ved at inddrage eventuelle kommentarer fra de faglige kommenteringer, og ved at tjekke, at de indtastede data lever op til IUCN’s kriterier. Således er slutproduktet en troværdig vurdering baseret på den viden, der findes på vurderingstidspunktet.
