Skove på kalkbund hører til de skove, som har flest truede arter. Den vigtigste grund hertil er nok, at artspuljen inden for de fleste artsgrupper er størst på kalkrig bund – det er en regel, som gælder i Europa og et mønster, som både findes i skove, græsland og moser. Måske er mønsteret grundlagt af svampene og planterne, der lever i tæt kontakt med jorden og dermed er påvirket af jordens surhedsgrad.

Mønsteret er ikke globalt – således findes der artsrige samfund af planter på sur bund i Sydafrika og Australien. Men i Danmark er floraen langt rigere på kalkrig bund end på sur bund – måske fordi kalkrig bund har været mest udbredt i Europa i et evolutionært tidsperspektiv. Generelt vil der være en højere basemætning i kalkrig jordbund, fordi den sure jordbund er opstået ved udvaskning af basekationer fra rodzonen. Hvis jorden bliver meget kalkholdig, opstår der dog andre udfordringer for plantevæksten, idet kalken kan binde andre mineraler så hårdt, at det bliver begrænsende for plantevæksten. Bøgetræer kan blive klorotiske (gule blade) på skrivekridt og limsten, og generelt bliver fosfat hårdt bundet til kalcium med væksthæmning til følge. Vækstbegrænsningen synes dog kun at øge biodiversiteten på kalkjord, idet der trænger mere lys ned til skovbunden, konkurrenceplanternes vækst hæmmes, og de langsomt voksende træer lettere bliver overgroet med laver og mosser eller angrebet af svampe.

Medvirkende til de mange truede arter er også, at der ikke findes så mange skove på meget kalkrig bund i Danmark. Møns Klinteskov og Allindelille Fredsskov er to klassiske skove på skrivekridt med ekstremt højt kalkindhold, men mange steder langs kysterne findes der skove på moræneler med et højt kalkindhold og mange af de samme arter – fx Stagsrode Skov ved Vejle Fjord og Trelde Skov ved Fredericia.

Langs kysterne medvirker erosion til at blotlægge kalkrig mineraljord og vedligeholde et lyst skovmiljø.

Sumpskove spænder over rig sumpskov i form af ellesumpe med asketræer og elm, hvor der ikke er alt for vådt (engskov), til fattig sumpskov i form af birkemoser med rødgran, skovfyr, bævreasp, almindelig røn og pors. Rød-el og ask optræder typisk, hvor der er udstrømmende kalkrigt grundvand, mens birkemoserne optræder ved tilgroning af mere sure hedemoser og hængesække.

Sumpskovene er typisk mere lysåbne og mindre intensivt forstligt drevet end skovene på mere tør bund. Det giver mulighed for en større variation af forskellige arter af buske og træer, herunder arter med insektbestøvede blomster. Det giver også mulighed for en rigere urteflora og dermed også for blomstersøgende insekter. Sumpskovenes kombination af høj luftfugtighed og lysindfald gør dem også til potentielt gode levesteder for mosser og epifytiske laver.

Krat dækker typisk over selvgroet skov domineret af buske og lave træer. Som sådan er krattene et successionsstadium, som man både finder i skovbrynenes overgange mellem højskov og lysåben natur eller marker, eller man finder det som en overgang i tid, hvor lysåben mose, eng, hede eller græsland gror til med buske og siden med egentlige skovtræer. Hvis jordbunden er meget våd eller meget tør og tillige næringsfattig, så kan tilgroningsprocessen være ganske langsom, og krattene kan nå at blive gamle.

Eftersom krattene typisk ikke er forstligt dyrket, så vil de ofte være rige på forskellige arter af vedplanter og rumme variation i form af små lysninger, hvor krattet ikke er groet helt sammen. Krattene har et rigt fugleliv og mange forskellige insekter og svampe. Klassiske eksempler på krat er enebærkrat, tørre krat med slåen, tjørn og roser samt våde krat med arter af pil og birk.

Skovene er levested for mange insektarter, ikke mindst sommerfugle. Det kan synes paradoksalt, eftersom sommerfuglene foretrækker sol, blomster og varme, og kun få arter trives i træernes skygge. Det er da også de solbeskinnede strækninger langs skovbryn og skovveje og (i historisk tid) særligt skovengene og skovlysningerne, som har værdi for sommerfuglene – skovlysningerne er dermed en essentiel del af skovlandskaber, hvis disse skal fungere som levesteder for de rødlistede arter. Her findes egnede værtsplanter til larverne, og her søger de voksne sommerfugle deres nektar i blomstrende urter og buske. Mens bestøvningen af bøg, eg, fyr og gran foregår ved vindens hjælp, bestøves pil, tjørn, slåen, æble, kvalkved, gedeblad og de fleste blomstrende urter af insekter. Det er ikke kun sommerfuglene, som har glæde af skovlysningerne, men også de varmekrævende biller, hvis larver lever i gamle solbeskinnede hule træer, og hvor mange arter søger nektar som voksne. De epifytiske laver og mosser, der vokser på stammer og grene af gamle træer, trives også i skovlysninger – særligt de våde lysninger, som har en høj luftfugtighed. Dertil kommer en række jordboende planter, mosser og svampe, som også kan lide lys i skoven. 

Selvom Danmark har fået stadigt flere og større skove gennem de sidste 200 år, er skovlysningerne gået tilbage, og flere af skovlysningernes sommerfugle og andre insekter har haft en stærk tilbagegang eller er ligefrem forsvundet. Allerede i 1939 beklagede naturhistorikeren, professor Carl Wesenberg-Lund (1867-1955), den omsiggribende tilplantning af skovenes tørre bakker og fugtige enge samt rydningen af skovenes underskov af blomstrende, men forstligt set unyttige, buske af tjørn, æble, slåen, rose m.fl. Der er gået 85 år, siden Wesenberg-Lund advarede om tabet af skovlysningerne, men skovlysningernes arter er i stadig tilbagegang.

Skovlysninger kan opstå naturligt i tilknytning til småsøer og vandfyldte lavninger eller efter brand og stormfald. Vilde græsædere, som krondyr, rådyr (Capreolus capreolus), vildsvin, europæisk bison, urokse, elg og bæver, har gennem millioner af år spillet en vigtig rolle for at holde skovlysningerne fri for skyggende træer, men deres rolle er i nyere tid stort set overtaget af tamdyr og høslæt. Ved fredsskovsforordningen blev de græssende tamdyr forment adgang til skoven, og efterhånden som landbruget i stigende grad importerede foder til tamdyrene fra udlandet, ophørte høslæt også på skovengene. Skovenes øvrige åbne områder, eksempelvis brandbælterne, kan være værdifulde lysninger med naturlig blomstrende urtevegetation, men er desværre ofte blevet pløjet, gødsket og tilsået med kulturgræsser, hvilket ødelægger deres værdi for planter og sommerfugle.

En rigtig skovlysning kan ikke konstrueres blot ved at plante træer i rundkreds på en mark eller græsplæne eller ved en kortvarig skovrydning, som straks tilplantes med træer. I begge tilfælde mangler hele den artsrige planteverden, som findes på naturligt solrige og næringsfattige voksesteder som enge og overdrev. I tilfældet med skovrydningen vil den ofte være så omfattende, at der opstår en stærk udtørring, som, i tilgift til frigivelsen af næringsstoffer fra de døde stubbe og rødder, giver en kortvarig opblomstring af hindbær (Rubus idaeus), stor nælde (Urtica dioica), gederams (Chamaenerion angustifolium) og brombær (Rubus fruticosus), men ingen blivende skovlysning og intet godt miljø for laver, mosser, sommerfugle og biller.

Skovlysningerne er mere end bare enge, heder og overdrev, tilfældigt omkranset af træer. Skovlysningens særpræg opstår netop i kombinationen af varme, læ, lys, træer, blomster og stabil luftfugtighed. Herved opstår der nogle specielle levevilkår, som er sjældne andre steder i naturen, og som tilgodeser mange arter af insekter, laver og mosser.

Truslerne mod de arter som lever af skovenes planterigdom og døde ved er specifikt omtalt under disse substrater, men i forhold til ovennævnte levesteder skal særligt nævnes den forstlige drift, som omfatter afvanding, tilplantning, tynding og hugst. Skovloven yder god beskyttelse mod konvertering af skovområder til andre formål såsom byer, veje og dyrkede marker. Så truslerne kommer især fra dyrkningen af skoven, som foregår helt i overensstemmelse med skovlovens formål. Når skovene afvandes som led i den forstlige drift, indskrænkes det naturlige areal med rig og fattig sumpskov samt engskov – både permanent våde ellesumpe og skovbevoksede tørvemoser og tidvist våde skove med eg, bævreasp, birk og ask – og skovene bliver mørkere og mister de indre skovbryn, som naturligt ville danne sig omkring skovenes lysåbne damme, hængesække og græssede skovenge. Næstefter afvandingen er det de manglende forstyrrelser fra især græssende dyr, som begrænser variationen i de forstligt drevne skove. Fredsskov betyder simpelthen oprindeligt ”fred for græssende dyr”, og udelukkelsen af de græssende dyr fra skovene betyder, at naturlige eller menneskeskabte lysninger gror til, og der dannes en tæt underskov af opvoksende træer mange steder. Det øger kronedækket i skovene og mindsker det lys, som når skovbunden og træernes stammer, hvilket forringer levemuligheder for lyskrævende plantearter og epifytiske mosser og laver samt varmeelskende insekter.

Kvælstofdeposition og sur nedbør har gennem tiden forringet levevilkårene for især epifytiske laver og svampe knyttet til næringsfattig jordbund med lavt kvælstofindhold. N-deposition kan også sammen med stigende CO2-indhold i atmosfæren have forstærket den generelle tilgroning af skovene med høje urter og unge træer i fraværet af store planteædere.